1、細菌：
主要包括真細菌(eubacteria)和古細菌(archaebacteria)；是廢水生物處理工程中最主要的微生物；

古細菌

根據需氧情況不同：好氧細菌、兼性細菌和厭氧細菌；

根據能源碳源利用情況的不同：光合細菌——光能自養菌、光能異養菌；非光合細菌——化能自養菌、化能異養菌；
根據生長溫度的不同：低溫菌（10ºC~15ºC)、中溫菌(15ºC~45ºC)和高溫菌(>45ºC)。

2、真菌：
真菌的三個主要特點：
①能在低溫和低pH值的條件生長；
②在生長過程中對氮的要求較低（是一般細菌的1/2）；
③能降解纖維素。

真菌在廢水處理中的應用：
①處理某些特殊工業廢水；
②固體廢棄物的堆肥處理

3、原生動物、后生動物：
原生動物主要以細菌為食；其種屬和數量隨處理出水的水質而變化，可作為指示生物。
后生動物以原生動物為食；也可作為指示生物。