反硝化所用的人工碳源有甲醇、乙醇、變性乙醇、醋酸及醋酸鈉等純化學藥劑， 或者是工業生產過程中的廢糖、糖蜜和廢醋酸溶液等。其中甲醇的使用最普遍， 且被證明是最合適的碳源。
甲醇的閃點為12 ，是高可燃性物質。甲醇的儲存池、管道及其附件和電氣系統需要考慮相應防爆措施。甲醇投加系統通常宜安裝在室外， 并遠離其他設備。甲醇儲罐應安裝浮動式頂蓋和壓力釋放閥與滅火器。
正式因為甲醇投加系統的安全措施問題，現在很多污水處理廠都改用其他碳源，比如醋酸鈉（
乙酸鈉）和
新型復合碳源作為代替碳源；這樣增加了安全運作的好處；